코난 도일의 「명탐정 홈즈」를 좋아하는 주인공 신이치는 유명한 고교생 탐정이다. 어느 날 우연히 범죄조직을 추적하던 그는 이상한 물약을 마시고, 하루아침에 여덟 살짜리 꼬마의 몸으로 줄어들고 만다. 그러나 머리는 여전히 명석하고, 정의감 역시 여전하다. 이제 코난으로 다시 태어난 신이치는 박사님의 도움을 받아 여러 가지 장비들을 이용하여 육체적인 한계를 극복하고 꼬마 탐정의 길을 걷는다.

여자 친구인 란의 집에 머물게된 코난은 탐정인 그녀의 아버지 덕분(!)에 많은 사건현장에 있게 되고, 치밀한 관찰력과 명석한 두뇌로 사건을 해결한다. 번번이 마취주사로 잠이 들어야 하는 모리 탐정이 조금 불쌍하기도 하지만, 코난 덕에 유능한 탐정으로 그의 평가가 올라가니까 그 대가라고 생각해도 좋을 것 같다.